由于房屋是重要的不動產，與之相關的交易活動極為普遍，因而房產證在交易活動中得到廣泛的運用。但在目前的實務中，對房產證的認識與其性質相悖之處仍嫌較多，歸納起來主要有兩類：
其一，顛倒房產證和不動產登記簿的關系，以為房產證是證明房屋所有權的唯一合法憑證，登記簿只是房產證的檔案。例如，在實務中判斷一個人是否擁有特定房屋的所有權時，以為是否持有房產證就是根本依據。
其二，混淆證書與證券的性質，以為房產證具有證券的性質與作用，可以代表其上記載的房屋所有權。例如，在房屋買賣中，以為房產證的交付具有房屋所有權移轉的效力;或者在房屋抵押中，以為房產證交給抵押權人占有具有設定抵押權的效力。
按照我國現行的房屋所有權登記制度，房屋登記是城鎮房屋權利歸屬的法定公示方法。
在以房屋為標的物的交易活動中，以房屋為標的物的物權取得、設定、變動等，須經登記始發生物權法上的效力。所以，房屋所有權歸屬的確認須以登記簿上的記載為準。
房產證作為一種證書，雖然可以證明房屋所有權歸屬于誰的法律事實，但其證明力的依據是其上記載與登記簿上的記載具有一致性。如果離開了不動產登記簿或與登記簿的記載不相一致，房產證在交易活動中就失去了對房屋權利歸屬的證明力，而只能成為向登記機關請求確權的證明文件。如果登記簿上未作變更，房產證自身任何單獨的變更均不產生物權法上的效力。例如，在房屋買賣時，房產證的交付并不產生房屋所有權移轉的效果，房產證受讓人并不能以取得出賣人的房產證為由，主張其已經取得房屋所有權。房產證遺失后，房屋所有權人并不因此失去房屋所有權，權利人可根據登記簿的記載主張和行使權利，并可要求機關根據登記簿上的記載補發房產證。
可見，房產證不能脫離登記簿的記載而發揮其證明作用。
所謂“房屋權屬證書是權利人依法擁有房屋所有權并對房屋行使占有、使用、收益和處分權利的唯一合法憑證”的規定，實際上顛倒了房產證和不動產登記簿的關系，誤解了物權公示的原則、意義和適用規則。房產證也不具有代表房屋所有權的功能，這一點與證券大不相同。
同是書面憑證，證書與證券在性質上的主要區別是：證書僅僅是證明法律事實的書面憑證，房產證作為權利證書，只能證明特定房屋所有權歸屬于誰，而不能代表其上記載的權利;證券不僅能夠證明權利的歸屬，如當事人在訴訟中即使只有持有證券這一孤證，亦可充分證明其擁有證券上的權利， 而且還能代表其上記載的權利，移轉交付證券即產生權利移轉的效力。
當然，在與房屋有關的交易活動中，房產證還是能夠起到一定的證明作用。但是，房產證所起到的只是初步的證明作用。在房屋買賣的締約過程開始時，欲出賣房屋的一方出示房產證，可以初步證明自己是房屋所有權人，有關的締約談判可以據此展開。
如果雙方初步達成一致并且準備簽訂房屋買賣合同時，一方當事人不應只根據對方房產證的記載就與之訂立合同，而應當到房地產主管機關查閱房屋登記簿，以了解對方是否為真正的房屋所有權人、該房屋上是否設定了抵押等情況，因為只有登記簿上的記載才是具有公信力的權利歸屬證明。
在房屋買賣合同履行時，賣方向買方交付房產證，并不產生 房屋所有權移轉的法律效果，必須在不動產登記簿上進行所有權主體的變更登記(即通常所說的“過戶登記”)，才能產生房屋所有權移轉的法律效力。
嚴格說來，在房屋所有權移轉過程中，房產證是不能隨之移轉的，房地產主管機關在進行過戶登記之后，不應將賣方原先持有的房產證經變更記載后轉交給買方，而應當將賣方原先持有的房產證收回，再向買方發放新的房產證。可見，在房屋交易過程中，房產證的證明作用是極為有限的，遠不如生活中常見的其他一些證書，如身份證、畢業證、合同書等。當然，盡管房產證的交付不具有物權法上的效力，但在審判實踐中據此判斷是否存在債的關系方面，還是有一定的證明意義。
例如，房產證的交付可以證明雙方當事人之間可能存在房屋買賣合同關系，可以證明賣方有交付房屋所有權的意思表示;在涉及房屋抵押的交易活動中，抵押權人占有房產證可以證明抵押合同關系的存在等等。
