第一，法律風險
前面已經詳細論述了由于小產權房的特殊法律屬性，使得小產權房的流通轉讓存在很多的限制，因為小產權房只具備了普通商品房的使用性質，但不具備普通商品房的法律性質，其并不是商品房。
所以，法律法規對商品房的相關規定和制度對小產權房是無效的，人民法院也不能適用商品房買賣的法律規定及司法解釋處理涉及小產權房的案件，購房人的權益很難得到維護。
同時，由于購買小產權房的合同是無效的，因此根據法律規定購房人只能要求開發商退還購房款并按銀行同期貸款利率支付利息等。但是根據目前已有的案例來看如果購房人明知所購房屋是小產權房仍然購買的，由于己方有過錯，可能人民法院就不會支持其要求賠償損失的請求。而且即使開發商違約，由于合同無效，購買人的權利將無法得到保障。由于小產權房不受法律認可，也不用在房管部門備案，不在政府機構監管范圍內，因此在使用房屋的過程中，如果遇到一些房屋質量問題、公共設施維護問題，其救濟途徑就非常有限。
最典型的案子就是1994年全國各地的畫家入駐通州宋莊，逐漸形成全國最大的畫家聚集地。但由于房價飛漲等多方面原因，陸續發生賣房農民因反悔賣房起訴畫家的案件，至今已經形成13起討房訴訟。
2007年7月，畫家李玉蘭第一個接到了一審敗訴判決書，法院判決合同無效，要求原房主按照評估價給李玉蘭9.3萬元補償款，李玉蘭于判決生效90日內騰房。李玉蘭遂向市二中院上訴。
2007年12月，二中院終審首次認定“畫家村”農村房屋買賣合同無效，但判決中指出合同無效主要責任在于農民反悔，李玉蘭可就賠償問題另行主張。
第二，政策風險
在購買的是在建小產權房，購房人與開發商簽訂合同并交付房款后，如果相關部門整頓小產權房的建設項目，可能就會導致部分項目停建甚至被強迫拆除。那么結果只能是購房人找開發商索要購房款，購房人就可能面臨既無法取得房屋，又不能及時索回房款的尷尬境地。另外，購房后如果遇到國家征地拆遷，由于小產權房沒有國家認可的合法產權，購房人并非合法的產權人，所以其很可能無法得到對產權進行的拆遷補償，而作為實際使用人所得到的拆遷補償與產權補償相比是微乎其微的。
第三，開發建設的監管同樣存在缺位
目前，小產權房屋的開發建設還沒有明確的規定加以約束，開發建設的監管同樣存在缺位。而小產權房屋的開發得不到銀行貸款支持，開發過程中其大量的開發資金沒有政府和銀行進行監管，主要依靠開發商自律進行開發建設，一旦開發單位的資金或其它環節出現問題，極有可能變成爛尾工程。如果是將購房資金預交給沒有任何資質和監管的開發單位，對購房者而言，資金的安全，開發商資金是否按時到位，是否能夠按質按時的交付房屋存在著很大的風險。同時，開發單位的資質沒有，房屋質量和房屋售后保修難以保證。而且，入住后的物業管理也極易出現問題。
第四，購買后也不能合法轉讓過戶
由于所購小產權房得不到法律的認可和保護，沒有得到國家房地產主管部門的批準，無法辦理合法的產權手續，購買后也不能合法轉讓過戶。同時對房屋的保值和升值也有很大影響。
