除斥期間與訴訟時效都可以督促當事人行使權利，然二者卻有質的不同主要為：
第一，訴訟時效系適用于請求權，請求權是請求他人為一定行為或者不為一定行為的權利。除斥期間則系適用于形成權。
第二，訴訟時效的適用范圍不需都是由法律特別規定，只需要符合法院受案的范圍請求權既可，都是可以援用訴訟時效。除斥期間是需要由法律明確規定的，法律沒用做特別規定的當事人不能援用除斥期間。
第三，訴訟時效有中止、中斷、延長的制度，除斥期間則無，是固定不變的，故而除斥期間又稱為不變期間。
第四，訴訟時效屆滿，消滅的是勝訴權而當事人的請求權依然存在，其只不過是被請求權人產生時效屆滿的抗辯權，則可以據此對抗請求權人的請求。除斥期間屆滿，當事人消滅的是實體權利，該權利喪失，不能再行使。
